in-ho lee.zip
'Study' 카테고리의 다른 글
| 2012 단백질 겨울학교 강의 자료들 (1) | 2012/01/17 |
|---|---|
| Python으로 fitting하기! (0) | 2011/06/14 |
| 생물물리학 기말 발표 자료 (0) | 2011/06/11 |
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
'Study'에 해당되는 글 14건
- 2012/01/17 2012 단백질 겨울학교 강의 자료들 (1)
- 2011/06/14 Python으로 fitting하기!
- 2011/06/11 생물물리학 기말 발표 자료
- 2010/02/18 첫 발표...
- 2009/12/21 전산물리 기말고사 종료 (1)
- 2009/12/19 전산물리 기말고사 푸는 중...
- 2009/12/18 졸업논문 작성완료!!
- 2009/12/18 졸업논문 쓰는중...
- 2009/12/18 요즘 연구하는 것과 관해서...
- 2009/12/18 휴.... 천만다행!!
데이터를 fitting 할 일이 생겼다.
기존에는 gnuplot에 내장되어 있는 fitting method를 사용하였는데,
gaussian function에 대해서는 solution이 initial guessing parameter에 대해서 매우 sensitive하고,
그 결과가 unstable해서 적절한 것 같지 않았다.
또한, fitting 할 set이 그 수가 많아서 gnuplot으로 하기엔 양이 많았다.
googling을 통해 찾아본 결과!
scipy 라는 scientific python module을 사용하면 쉽게 할 수 있다고 해서 이에 도저언~~~
1. SciPy Installation
http://www.scipy.org/Installing_SciPy/Linux
여기에 뭐라뭐라 나와있는데,
ubuntu에서는 정말 간단하다.
# sudo apt-get install python-scipy
혹시, numpy가 설치되어있지 않다면,
# sudo apt-get install python-numpy python-scipy
이걸로 끝!
2. Fitting data using scipy
http://www.scipy.org/Cookbook/FittingData
이 module은 친절하게 사용법을 하나하나 알려준다. :)
residual function, initial guessing parameter, data
이렇게 세 개의 요소만 있으면 fitting 완료!
단, data가 numpy에서 사용하는 array형태로 들어가야 한다. (여기서 삽질좀..;;)
#!/usr/bin/python
from numpy import *
from scipy.optimize import *
res = lambda p,x,y: y - (p[0]*x + p[1]) # Residual function
p0 = [1.0,0.0] # Initial guessing parameter
x = array([1,2,3])
y = array([1.1,1.8,2.7])
p1 = leastsq(res,p0,args=(x,y))
print p1[0]
>> [0.85 0.23333334]
from numpy import *
from scipy.optimize import *
res = lambda p,x,y: y - (p[0]*x + p[1]) # Residual function
p0 = [1.0,0.0] # Initial guessing parameter
x = array([1,2,3])
y = array([1.1,1.8,2.7])
p1 = leastsq(res,p0,args=(x,y))
print p1[0]
>> [0.85 0.23333334]
'Study' 카테고리의 다른 글
| 2012 단백질 겨울학교 강의 자료들 (1) | 2012/01/17 |
|---|---|
| Python으로 fitting하기! (0) | 2011/06/14 |
| 생물물리학 기말 발표 자료 (0) | 2011/06/11 |
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
Group I
Stretching single talin rod molecules activates vinculin binding.
Science. 2009 Jan 30;323(5914):638-41.
Pubmed Link<http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19179532?itool=EntrezSystem2.PEntr...>
허림, 김필용, 공지원
Final Presentation_final.ppt
'Study' 카테고리의 다른 글
| 2012 단백질 겨울학교 강의 자료들 (1) | 2012/01/17 |
|---|---|
| Python으로 fitting하기! (0) | 2011/06/14 |
| 생물물리학 기말 발표 자료 (0) | 2011/06/11 |
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
TAG physical biology
연구실에서 Lab Meeting때 처음으로 발표를 했다.
논문발표였는데...
논문이 신통치 않아서...ㅡㅡ;;
좀 많이 당황....ㅎㅎㅎ
'Study' 카테고리의 다른 글
| Python으로 fitting하기! (0) | 2011/06/14 |
|---|---|
| 생물물리학 기말 발표 자료 (0) | 2011/06/11 |
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
take home exam으로 치루어졌던
전산물리 기말고사가
나에게 있어선 종료 되었다...
단 한 번만 제출할 수 있기 때문에,
이미 메일로 답안을 제출해 버린 나로서는 끝인 것이다.
결국 multiple precision을 구현하는데는 실패하였다...;;
나머지는 대충 완벽하게 풀었으니,
어느정도는 점수를 받지 않을까?
1~3번을 합쳐서 20점, 4,5번 각각 40점이라고 한다면,
내가 나에게 점수를 매기자면,
20 + 15 + 40 = 75점 정도??
뭔가 많이 못마땅한 점수지만...
주어진 시간에 하나의 library를 이해하고 coding하기에는 시간이 부족하지 않았나 싶다...
이것으로 나의 학부 시험은 모두 종료!!
에...
점수가 얼마전에 나왔는데...
채점기준이 너무 가혹하다...;;
에고... 망했어요!!!!!!ㅋㅋㅋ
오늘 성적이 나온다네??
'Study' 카테고리의 다른 글
| 생물물리학 기말 발표 자료 (0) | 2011/06/11 |
|---|---|
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
서울대학교에는 전산물리라는 수업이 물리학부에서 개설되는데,
시험문제가 take home exam이란 형태로 나온다.
어느 한 시간에 문제가 공개되고,
지정된 어느 시간까지 풀어서 제출하는 것이다.
이 시험 방식은 학생들도 부담이 적고,
교수님도 문제를 내는데 있어 자유로운 면이 있다.
하지만 문제에 이상이 있거나해서,
communicate해야할 일이 있으면,
상당히 불편해지게된다.
즉각적으로 방향을 잡을 수 없기 때문이다.
이번 기말고사에서도 그랬다.
조교가 애매한 글을 남기는 바람에,
몇 시간 동안 시간을 허비한 꼴이 되었다...
이럴수가!!
그리고 지금...
문제 풀기가 갑자기 너무 싫어졌다!!ㅋㅋ
지금은 2009.12.13.03.32
문제 풀다가...
단순한 문제가 아니란 걸 깨닫고선
잠을 택하다...
현재 문제는...
1.0e-20을 구현할 수 있는 자료형의 문제와
x''(t) = f(t,x(t),x'(t)) 꼴인 second order differential equation을 푸는 것이다.
내일 열심히 싸워봐야지...
'Study' 카테고리의 다른 글
| 첫 발표... (0) | 2010/02/18 |
|---|---|
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
| 요즘 연구하는 것과 관해서... (0) | 2009/12/18 |
졸업논문을 드디어 완성!!
실제로는 화요일에 이미 완료하고 제출했지만 ㅋㅋㅋ
주제는 Quality Assessment of Contact Residue Prediction based on three-dimensional protein modeling in CASP
이거 파일첨부해도 되나??ㅋㅋ
p.s. 아이폰으로 작성한 겅미
iPhone 에서 작성된 글입니다.
실제로는 화요일에 이미 완료하고 제출했지만 ㅋㅋㅋ
주제는 Quality Assessment of Contact Residue Prediction based on three-dimensional protein modeling in CASP
이거 파일첨부해도 되나??ㅋㅋ
p.s. 아이폰으로 작성한 겅미
iPhone 에서 작성된 글입니다.
'Study' 카테고리의 다른 글
| 전산물리 기말고사 종료 (1) | 2009/12/21 |
|---|---|
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
| 요즘 연구하는 것과 관해서... (0) | 2009/12/18 |
| 휴.... 천만다행!! (0) | 2009/12/18 |
09/12/10
졸업논문 쓰는 중...
주제는.... 엄...;;;;;;;;;
Quality Assessment of Contact Residue Prediction in CASP8 by LEE group
지금까지 Methodology까지 쓰고,
오늘 데이터 쓰고 있는데....에고....ㅋㅋㅋ
귀찮다...ㅋㅋ
'Study' 카테고리의 다른 글
| 전산물리 기말고사 푸는 중... (0) | 2009/12/19 |
|---|---|
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
| 요즘 연구하는 것과 관해서... (0) | 2009/12/18 |
| 휴.... 천만다행!! (0) | 2009/12/18 |
| 생물학에 대한 단상 (1) | 2009/12/18 |
09/12/04
요즘... 연구하는게 크게 두가지(?) 정도가 있는데,
둘이 완전 독립된 것은 아니고,
A를 이용해 나중에 B를 할 수 있게 되는 건데,
A에서는 진척되는 속도가 느린데,
B에 대한 idea는 많이 떠오른다...;;
A가 되어야 B를 제대로 시험해 볼 수 있을텐데...
아직 교수님의 코드가 익숙치가 않아서 A가 많이 헤매고 있다...
빨리 A를 해 버리고 싶은데...
p.s. 웅희형/준수형과 같이 하던 것에서...
엄~~청난 실수를 발견해버렸다...
ㅈㅈ 형들 죄송해요...ㅠㅠ
몰랐잖아요...헤헤...ㅋㅋ
'Study' 카테고리의 다른 글
| 졸업논문 작성완료!! (0) | 2009/12/18 |
|---|---|
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
| 요즘 연구하는 것과 관해서... (0) | 2009/12/18 |
| 휴.... 천만다행!! (0) | 2009/12/18 |
| 생물학에 대한 단상 (1) | 2009/12/18 |
| 드뎌 완성!!! (0) | 2009/12/18 |
09/11/15
휴......
무의식적으로 "rm -r"을 쳤다가...
지금까지 해왔던 것들을 다... 날려 버릴뻔...했다...;;
다행히도 백업해놨길래....
거의 대부분을 살려냈지만...;;
완전 울뻔...ㅠㅠ
'Study' 카테고리의 다른 글
| 졸업논문 쓰는중... (0) | 2009/12/18 |
|---|---|
| 요즘 연구하는 것과 관해서... (0) | 2009/12/18 |
| 휴.... 천만다행!! (0) | 2009/12/18 |
| 생물학에 대한 단상 (1) | 2009/12/18 |
| 드뎌 완성!!! (0) | 2009/12/18 |
| Kurt Wu"thrich, KIAS Nobel Lecture (0) | 2009/12/18 |
